Kıbrıs fethinde Osmanlı’ya katılan Tunus 980 (1572) yılında İspanyol donanması tarafından ele geçirildi. Sinan Paşa burayı geri almak için hazırlanan Osmanlı kuvvetlerinin serdarlığına tayin edildi.
Kılıç Ali Paşa’nın başında bulunduğu Osmanlı donanması, 982’de (1574) otuz üç günlük kuşatma Tunus’a yeniden hakim oldu. Sinan Paşa bu başarısı üzerine “Tunus fatihi” unvanını aldı.
16 Cemaziyelevvel 997’de (2 Nisan 1589) ikinci defa sadrazam oldu. Şah Abbas’ın barış isteği kabul edilerek 1578’den beri süregelen savaşlara son verildi. Bu dönemde önemli bir problem haline gelen sikke tashihi konusunda verimli çalışmalar yapıldı, maden ocakları etkili bir şekilde işletildi, yeni darphaneler kuruldu. Ayrıca Sakarya nehri vasıtasıyla Karadeniz-İzmit körfezi kanalının açılması projesine yeniden başlandı.
Üçüncü sadaretinde Avusturya’ya karşı yeni bir sefer açılmış ve böylece 1606 yılına kadar sürecek başlamıştır. Sinan Paşa 12.000 yeniçeri ve diğer askeri birliklerle 19 Şevval 1001’de (19 Temmuz 1593) yola çıktı. Belli başarılar elde edildi fakat fetih nasib olmadı.
Nihayetinde Sinan Paşa hastalandı 5 Şaban 1004’te (4 Nisan 1596) vefat etti ve Çarşıkapı’da Divanyolu üzerindeki türbesine defnedildi. (Rahmetullahi ‘Aleyh)
Selaniki Sinan Paşa’nın ölümü sırasında yaşının seksenden fazla olduğunu söyler. Geçmiş dönemlerin harap hale gelmiş vakıflarını ihya ettiği, hediye alıp vermekten hoşlandığı ve seferlerde çok mal elde ettiği belirtilmiştir.
Başta İstanbul olmak üzere Arabistan ve Balkanlar’da pek çok medrese, cami, imaret, sebil, darulkurra, han, hamam tesis edip bunlara önemli miktarda gelir tahsis etmiştir.
